Roedd y Cymro 26-mlwydd-oed wedi gobeithio gwella mewn pryd ar gyfer ei hoff ras, y 200m, sydd yn cychwyn ddydd Mercher.
"Rwy'n siomedig iawn," meddai. "Mae'r Gemau yn arbennig gan ei fod yn gyfle i gystadlu dros Gymru.
"Wedi (Asafa) Powell, roedd medalau'r 100m yna i'w hennill, ac roedd yr aur ar gael yn y 200m."
Datgelodd Malcolm fod ganddo rwyg bach yn llinyn ei 芒r a bydd allan am rhai wythnosau.
|